İl yönetiminin başında Vali bulunmaktadır. Valilikte 5 Vali Yardımcısı, İl Hukuk İşleri, Özel Kalem, Yazı İşleri, Mahalli İdareler, Basın-Halkla İlişkiler, İl İdare Kurulu ve İl Planlama ve Koordinasyon Müdürlükleri görev yapmaktadır. İlde çok sayıda kamu kuruluşu bulunmaktadır. Bunlar; Bakanlıkların ve merkezi kamu kuruluşlarının bölge ve il müdürlükleri ile şube müdürlükleri düzeyindeki taşra birimleridir. Kayseri’de merkezi yönetime bağlı kuruluşlar ile 65 tanesi belediye olmak üzere 145 kamu kuruluşudur. Bunlardan 17’si Bölge Müdürlüğü olarak örgütlenmiştir.

23 Temmuz 2004 tarihinde yürürlüğe giren 5216 sayılı Büyükşehir Belediyeleri Kanunu ile Kayseri Büyükşehir Belediyesi'nin sınırları yeniden düzenlenmiştir. Daha önce 2 metropol ilçeden oluşan Kayseri Büyükşehir Belediyesi, yeni yasa ile 5 ilçe ve 19 alt kademe belediyesinden oluşmaktadır.